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FRET (Forster resonance energy transfer)

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최초 등록일
2021.08.25
최종 저작일
2021.04
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소개글

서울대학교 2021년도 물리분석실험 리포트입니다.

목차

1. Abstract

2. Introduction

3. Results
1) IRF 및 Emission Spectrum 측정
2) Intensity decay curve 및 Lifetime, FRET efficiency 측정
3) FRET efficiency 및 거리 분석

4. Discussion

5. Assignment

6. Reference

본문내용

1. Abstract
구조적인 한계로 광학 현미경 분해능의 최소가 약 200nm까지인 것이 밝혀진 이후, 전자현미경의 발명 등 molecule scale의 길이를 측정하기 위한 같은 다양한 연구가 진행되었다. 이 중 두 분자간 거리에 따른 광학적인 변화를 측정하면서 분자 간 거리를 분석할 수 있는데, 그 중 대표적인 예가 두 분자, Donor와 Acceptor 사이의 형광 변화를 측정하여 분자 간 거리를 분석하는 FRET(Förster resonance energy transfer)이다. 이에 대해, 본 실험에서는 ssDNA와 dsDNA에 Cy3와 Cy5을 labeling한 Donor only, Donor + Acceptor short, Donor + Acceptor long, 총 3개의 sample의 Emission spectrum을 측정하고 Cy5의 유무에 다른 Cy3 fluorescence의 lifetime 변화를 측정하였디. 더 나아가, 샘플들의 lifetime 비를 이용하여 Cy3와 Cy5의 거리에 따른 FRET Efficiency를 구하고 두 dye 간 거리를 분석하고 오차를 분석하며 생체 분자 연구에서 Spectrometric ruler로서의 FRET의 기능을 확인하였다.

2. Introduction
분자가 빛과 충돌하면 에너지를 흡수하면서 들뜬 상태로 전이한다. 이후 다시 에너지의 일부를 빛의 형태로 방출하면서 바닥 상태로 돌아오게 되는데, 이때 방출하는 빛의 종류와 방출 방식은 분자의 구조와 환경에 밀접한 연관이 있다. 분자는 크게 형광(fluorescence)과 인광(phosphorescence), 두 가지 형태로 빛을 방출한다. 아래 [그림 1]과 같이 형광은 ps time scale의 vibrational relaxation 이후 excited singlet state에서 ground singlet state로 전이되며 ns time scale로 빛을 방출한다.

참고 자료

Lakowicz, Joseph R., Principles of fluorescence spectroscopy. Springer Science & Business Media, 2013
Hochreiter, Bernhard & Garcia, Alan & Schmid, Johannes. (2015), “Fluorescent Proteins as Genetically Encoded FRET”, Biosensors in Life Sciences. Sensors. 15. 26281-26314. 10.3390/s151026281.
Moreira, B. G.; You, Y.; Owczarzy, R.(2015), “Cy3 and Cy5 dyes attached to oligonucleotide terminus stabilize DNA duplexes: predictive thermodynamic model” Biophy. Chem., 2015, 198, 36-44.
Vera Kuznetsova, Anton Tkach, Sergei Cherevkov, Anastasiia Sokolova, Yulia Gromova, Viktoria Osipova, Mikhail Baranov, Valery Ugolkov, Anatoly Fedorov and Alexander Baranov(2020), “Spectral-Time Multiplexing in FRET Complexes of AgInS2/ZnS Quantum Dot and Organic Dyes”, Nanomaterials 2020, 10, 1569
Alberts B, Johnson A, Lewis J, Morgan D, Raff M, Roberts K, Walter P (2014). “Molecular Biology of the Cell (6th ed.). New York/Abingdon: Garland Science”, Taylor & Francis Group. p. 177.
Bo Durbeej, Leif A. Eriksson(2002), “Reaction mechanism of thymine dimer formation in DNA induced by UV light”, Journal of Photochemistry and Photobiology A: Chemistry, Volume 152, Issues 1–3, 2002, Pages 95-101,
Rahul Roy, Sungchul Hohng and Taekjip Ha(2013), “A Practical Guide to Single Molecule FRET”, Nat Methods. 2008 June ; 5(6): 507–516
Yuan Shi, Pieter F.W. Stouten, Nirmala Pillalamarri, Lauren Barile, Ramon V. Rosal, Saul Teichberg, Zimei Bu, David J.E. Callaway (2006), “Quantitative determination of the topological propensities of amyloidogenic peptides”, Biophysical Chemistry, Volume 120, Issue 1, 2006, Pages 55-61
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