화실기 molecular dynamics simulation

목차

1. Abstract
2. Introduction
3. Methods
4. Results and Discussion
5. Conclusion
6. Reference

본문내용

1. Abstract
컴퓨터 화학은 화학 반응과 분자의 구조, 화학적 시스템의 분자들의 역학을 연구하는 것이다. 이번 실험에서는 polar solvent (acetone)와 nonpolar solvent (cyclohexane)을 water와 시뮬레이션 할 것이다. 컴퓨터 시뮬레이션은 무한히 넓은 공간에 대해 실행될 수 없으므로 일정한 크기의 system box를 정의하고 근사적인 방법을 통해 무한히 넓은 공간에서 일어나는 현상을 이해하는 것이다. 즉, 먼저 특정 크기의 box 안에 initial configuration 을 만든 후 시뮬레이션 수행 후 final configuration 과 비교, 분석하여 어떠한 변화가 있었는지 관찰하고, 밀도의 변화, Radial distribution function, mean square displacement, potential energy, 전체 시간에 따른 물분자들의 hydrogen bond 수의 변화를 살펴 볼 것이다.

2. Introduction
컴퓨터 화학은 화학 반응 뿐 아니라 분자의 구조와 계수적으로 모델링 된 원자들과 화학적 시스템의 분자들의 역학을 연구하는 것이다. 컴퓨터 화학의 발전은 기계적 해상도나 일시적인 분자상태의 불안정성 의 한계 때문에 접근하지 못하는 근본적인 화학반응과 과정의 상세한 정보를 이해하게 해준다. 따라서 컴퓨터 화학은 화학연구에 보충적인 실험을 하게 하여 현대 화학에 필수적인 요소가 되었다.
컴퓨터 화학에서, 두 가지 접근이 가장 유명하다. 한 가지는 분자구조와 화학반응을 이해하는 전자구조 방법이다. 그리고 다른 하나는 구조의 이해를 도와주고 단백질이나 수용액 상태의 나노 입자를 포함하는 많은 분자들로 이루어진 액체와 고체의 역학을 알려주는 분자역학이다. 전자 구조방법은 화학반응의 양자화학 연구이며, 분자 구조와 화학결합 그리고 반응 메커니즘과 전이상태의 구조를 알아보는 방법이다.

참고 자료

lab manual
강의 자료
http://www.ch.embnet.org/MD_tutorial/pages/MD.Part1.html
https://en.wikipedia.org/wiki/Root-mean-square_deviation_of_atomic_position