DGGE와 FISH에 대한 조사.

소개글

환경공학 - 미생물학 부분 분석법에 대한 내용입니다.

목차

◎DGGE
-DGGE의 원리
◎FISH(Fluorescence in situ hybridization)분석
-FISH 실험 방법

본문내용

◎DGGE
분자생태학적 방법의 하나인 DGGE(Denaturing gradient gel electrophoresis)는 복합 미생물 군집의 유전적 다양성을 직접적으로 규명할 수 있다. 1993년 Muyzer등에 의해 제안되었다. 16S rDNA와 연계된 분자 생물학적 기법으로 미생물 생태학적 연구에 광범위하게 적용되고 있다. DGGE 기법은 denaturing gradient acrylamide gel 내에서 dsDNA 절편이 가지는 고유한 염기서열의 melting temperature에 의해 dsDNA가 부분적으로 해리 되면서 발생하는 물리적 형태의 변형에 따라서 DNA의 이동 속도가 변화하는 것을 원리로 하고 있다. 따라서 같은 분자량의 DNA라고 할지라도 각각의 고유한 염기서열의 Tm value에 따라서 DGGE gel 상에서는 다른 위치의 band로 나타날 수 있다.

◎FISH(Fluorescence in situ hybridization)분석

슬러지와 같이 미생물 군집이 복잡한 경우는 기존의 배양 의존적인 방법들(MPN, selective plating)에 의해 미생물의 특성을 알아보기 어렵다. 수많은 미생물 종에 부합하는 배지 선택이 어렵고 그들 상호간의 기질경쟁 등으로 인한 오차도 많기 때문이다.
이러한 단점을 극복하고자 환경분야에서도 분자생물학적 실험이 수행되고 있는데 rRNA oligonucleotide probe 를 이용하는 fluorescence in situ hybridization(FISH)기법이 그것이다. 이 방법으로 하수처리장에 존재하는 미생물의 군집구조를 분석할 수 있으며 그들의 정량화, 동정 및 분포를 빠르고 정확하게 조사할 수 있다. 또한 floc, aggregate 및 생물막 표면은 물론이고 내부까지 sample의 임의적 변형 없이 관찰을 수행할 수 있다.

참고 자료

-DGGE를 이용한 지하수 세균 군집의 유전적 다양성과 유사성분석/이종광
(한양대학교 대학원)
-DGGE를 이용한 대청호 수화 발생시기의 세균군집 분석/환경미생물학회지
-토착 토양미생물 적용이 하수처리에 미치는 영향/이미애(경희대 대학원)
-네이버 지식IN 사이트