서강대학교 현대생물학실험4 미생물 DNA 추출을 통한 Microbiome 분석
- 최초 등록일
- 2019.12.26
- 최종 저작일
- 2019.11
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소개글
"서강대학교 현대생물학실험4 미생물 DNA 추출을 통한 Microbiome 분석"에 대한 내용입니다.
목차
1. Abstract
2. Introduction
3. Material and Method
4. Data and Result
5. Discussion
6. Reference
본문내용
Abstract
이번 실험에서는 두피와 피부에서 미생물 DNA를 추출하여 NGS를 통해 Microbiome을 분석하였다. 피부와 두피에서 미생물 DNA를 얻은 뒤 차례대로 sampling, Amplification Library Preparation, Sequencing, Microbial Characterization을 거쳤다. Amplification Library Preparation 과정에서는 순서대로 Amplicon PCR, PCR Clean-Up 1, Index PCR 후 PCR Clean-Up 2를 거쳤다. 이어지는 Sequencing 과정에서는 Library Denaturing and MiSeq Sample loading과 MiSeq running을 진행하였다. 마지막으로 Sequencing 과정에서 얻어진 Sequencing result를 통해 Microbial Characterization을 진행했다.
<중 략>
Introduction
Microbiota와 Genome의 합성어인 Microbiome은 특정 환경에 존재하는 미생물들의 수많은 유전자 정보를 총칭하는 것과 동시에 특정 환경에 사는 미생물 자체 (Microbiota)를 일컫기도 한다. Microbiota는 인간의 몸에 서식하며 공생의 관계를 가지는 미생물로, Pathogen, Normal Flora, Probiotics로 나뉜다. Pathogen의 경우 인간에게 질병을 유발하는 미생물이며, Normal flora의 경우는 인간의 피부, 구강, 장관, 질 등에 정상적으로 서식하는 미생물이며 Probiotics의 경우는 인간에게 도움이 되는 미생물이다.
미생물 농도 측정에 있어서는 흡광 밀도(Optical Density)로 농도를 측정한다. 흡광 밀도 측정 시 230nm에서 carbohydrate, phenol, EDTA가 최대 흡수 물질이며 260nm에서는 dsDNA, ssDNA, RNA, 280nm에서는 protein이 해당 파장에서의 최대 흡수 물질이다.
참고 자료
David L. Nelson, Michael M. Cox (2010), Principles of biochemistry, 5th ed, 월드사이언스, pp.456-457
Geoffrey M. Cooper, Robert E. Hausman (2013), The Cell-A Molecular Approach, 6th ed, SINAUER, pp. 17-36
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