아주대학교 생물학실험1 (A+보고서) 생물정보학

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목차

1. 실험 목적

2. 실험 이론

3. 실험결과 및 고찰
1) 실습과제1)의 BLASTP 결과
2) 실습과제2)의 BLASTN의 결과
3) 실습과제3)의 BLASTN의 결과
4) 실습과제4)의 BLASTN의 결과
5) 실습과제5)의 BLASTN의 결과

본문내용

1. 실험 목적
- 생물정보학에 대한 학문을 이해하며 생물정보학 tool을 사용하는 방법을 익히며 우리가 알고 싶은 유전자 서열을 tool을 이용하여 탐구 하고 생물의 서열간 유사성을 확인하고 진화의 유연관계를 확인 한다.
2. 실험 이론
- 생물정보학: 생물학 분야의 해석을 통계학과 컴퓨터 시스템의 도움을 받아 생물학적 데이터를 이용하여 유전자를 해석하고 기능을 유추 해 내는 작업을 하며 탐구하는 것을 의미한다.
- NCBI: National Center for Biotechnology Information의 약자로 미국 국립 생물 공학 정보센터로 생물학의 구글이라고 볼 수 있다. 온라인으로 검색어를 입력하여 찾고자 하는 정보를 얻을 수 있다. 검색창에는 찾고자 하는 유전자나 단백질 서열을 입력하면 되며 여러가지 tool이 존재 한다. 여러 도구 중에 연구 목적으로 사용되는 tool이 있다.
- BLAST: Basic Local Alignment Search Tool의 약자로 연구의 목적에 사용되는 tool로 연구 과정 중 획득 하게 되는 아미노산 서열 혹은 DNA염기 서열을 비교 하는 알고리즘을 BLAST라고 한다. BLAST에는 여러가지 tool이 존재 하는데 Nucleotide BLAST와 Protein BLAST 가 있다. 전자의 것은 획득한 유전자의 정보 searching에 도움을 주는 tool이며 후자의 것은 획득한 protein 서열이 무엇이며 어떤 protein 서열과 유사한지를 찾도록 도와주는 tool이다.
- BLAST의 원리:
1. Query Sequence 즉 획득한 염기 서열을 의미 하며 앞으로 탐구 해야 하는 것이다. 이 서열을 데이터 베이스와 대조 할 때, Sequence의 전체 서열을 가지고 대조를 하지는 않고 획득한 염기서열의 일부분만 추출 하여 이용 하는데 이 추출된 서열을 SEED 서열이라고 한다.

참고 자료

NCBI/”유전자 서열”/ National Center for Biotechnology Information (nih.gov) /2022/04/26
위키피디아/”platypus, 가시두더지, AVES, 영장류, 고니, 주머니쥐”/위키백과, 우리 모두의 백과사전 (wikipedia.org)/ 2022/04/26
emboss needle/”multiple sequence”/ EMBL-EBI: EMBL's European Bioinformatics Institute | EMBL’s European Bionformatics Institute/2022/04/26