Identification of Novel Bacterial species (새로운 박테리아 종 동정)을 위한 DNA Extraction (DNA 추출) (A+ 평가자료)

소개글

새로운 세균 동정 목적으로, DNA extraction 과정을 진행하였습니다.

DNA extraction method와 Result를 분석하고
Nano Drop 결과를 해석하였습니다.
오차에 대한 원인 분석, 바이러스와 다른 차이점, 등을 기재하였습니다.
DNA 추출에 사용된 시약들의 역할 및 원리를 Project 내용으로 기재했습니다.

목차

1. Title
2. Purpose
3. Material
4. Method
5. Results
6. Discussion
7. Projects
8. Reference

본문내용

Ⅷ. Discussion
본 실험 결과에서의 Nano Drop 결과를 260/280 ratio와 260/230 ratio로 분석해보았을 때 순수한 DNA를 정량적으로 추출했다고 판단할 수는 없었고, 일반적인 수치보다 적은 수치를 보인다는 점에서 Sample이 오염이 되었다는 점을 확인할 수 있었다. 이에 실험 과정과 원리를 통해서 정량적으로 순수한 DNA를 extraction하지 못했던 이유에 관하여 고찰해볼 수 있었다.

<중 략>

본 실험 과정으로 핵산을 분리하는 과정을 전반적으로 이해해볼 수 있었으나, 실험에서 사용된 균주의 DNA를 추출하였다는 점에서 추가적인 궁금점을 가져볼 수 있었다. 본 실험에서 배양된 세균을 이용하여 DNA를 추출할 수 있었던 것과는 다르게, 구조와 형태가 다른 바이러스의 경우에는 DNA를 어떻게 추출할지에 관한 궁금증, DNA의 추출과 RNA의 추출에는 추출과정에 어떤 차이가 존재할지에 관한 궁금증이 들어 조사를 통해 확인하고, 본 실험과 비교해볼 수 있었다.
바이러스의 경우에는 세균과는 다르게, 단순한 구조로 핵산과 캡시드라는 겉껍질의 단백질로 이루어져 있다 . 바이러스 DNA를 extraction하는 방법을 간략히 정리하면 다음과 같다. 먼저, 바이러스 입자가 녹아있는 수용체에 페놀을 섞어주고, chloroform을 첨가하여 단백질 막과 분자들을 분해, 변성시킨다. 이에 층이 구분되고, 상층액에 DNA가 녹아 존재하므로, 에탄올을 첨가한 후 완충용액에 녹이는 과정을 거쳐 DNA extraction sample을 얻을 수 있다 . 세균과는 차이점으로 외피가 존재하지 않아 SDS처리를 하지 않아도 된 점을 이야기해 볼 수 있고, DNA 바이러스를 사용하였을 경우 RNase A를 필요로 하지 않는다는 점도 확인해 추론해볼 수 있었다.

참고 자료

NanoDrop Nucleic Acid Handbook, Thermo Fisher SCIENTIFIC, p. 12, 14
Biotechnological applications of the sepiolite interactions with bacteria: Bacterial transformation and DNA extraction, Applied clay science, Fidel Antonio Castro-Smirnov 외 5인, Elsevier, 2020, pp. 2~3
두산백과 네이버 지식백과), 효소
https://terms.naver.com/entry.naver?docId=1156045&cid=40942&categoryId=32315
농업용어사전: 농촌진흥청 (네이버지식백과), 농촌진흥청, 단백질변성
https://terms.naver.com/entry.naver?docId=132388&cid=43658&categoryId=43658
임상분자생물학 3판 권순일 외 11인 저, 정문각, 2020, p. 113, 114, 119
동물학백과 (네이버 지식백과), 한국통합생물학회, 바이러스
https://terms.naver.com/entry.naver?docId=5842576&cid=63057&categoryId=63057
핵심 분자생물학, Burton E. Troop, 박영인 외 14인 역, 월드사이언스, 2016, p. 113, 114
생명과학대사전 (네이버 지식백과), 강영희, 여초, 2014, 인산완충생리식염수
Phenol: Chloroform + Tris Buffer, Thermo Fisher SCINETIFIC, PCI
https://www.thermofisher.com/order/catalog/product/17909
화학대사전 (네이버 지식백과), 세화, 2001, 페놀법
https://terms.naver.com/entry.naver?docId=2317055&cid=60227&categoryId=60227
생화학백과 (네이버 지식백과), 생화학분자생물학회, 도데실 황산 나트륨
https://terms.naver.com/entry.naver?docId=5733282&cid=60266&categoryId=60266
생명과학대사전 (네이버 지식백과), 강영희, 여초, 2014, 브롬화세틸트리메틸암모늄
https://terms.naver.com/entry.naver?docId=2692337&cid=60261&categoryId=60261
화학백과 (네이버 지식백과), 대한화학회, 클로로폼
https://terms.naver.com/entry.naver?docId=5827602&cid=62802&categoryId=62802
두산백과 (네이버 지식백과), 서울대학교 아시아연구소, 염화나트륨수용액
https://terms.naver.com/entry.naver?docId=1127010&cid=40942&categoryId=32263
생명과학대사전 (네이버 지식백과), 강영희, 여초, 2014, 리보핵산가수분해효소 A
https://terms.naver.com/entry.naver?docId=425504&cid=60261&categoryId=60261
화학대사전 (네이버 지식백과), 세화편집부, 세화, 2001, 리소자임(라이소자임)
https://terms.naver.com/entry.naver?docId=2285337&cid=60227&categoryId=60227
화학백과 (네이버 지식백과), 대한화학회, 에탄올
https://terms.naver.com/entry.naver?docId=5827419&cid=62802&categoryId=62802
위키백과, SSC buffer
https://en.wikipedia.org/wiki/SSC_buffer