고려대학교 세종캠퍼스 생물정보학 homework2 (NCBI, BLAST)
- 최초 등록일
- 2019.05.10
- 최종 저작일
- 2018.06
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소개글
고려대학교 세종캠퍼스 생물정보학1 과제 Homework assignment2에 대한 과제 전체적인 내용및 방법들이 들어있는 과제물입니다.
단백질이 달라도 과제물 안에 있는 단백질을 검색하여 방법 그대로 따라하시면 됩니다.
목차
1.problem1에 대한 과제 방법 및 결과 (답)
2.problem2에 대한 과제 방법 및 결과 (답)
본문내용
Problem 1
Retrieve the amino acid sequence of papaya papain and then submit it to a BLAST search. List the first 5 homologues of it BLAST finds you. Are there any paralogs? Start from http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi and choose protein blast
-NCBI에서 papaya papain을 검색하여 BLAST 실행할 때 필요한 amino acid sequence와 FASTA을 얻는다.
“Papaya papain Amino acid sequence” 1 mamipsiskl lfvaiclfvy mglsfgdfsi vgysqndlts terliqlfes wmlkhnkiyk 61 nidekiyrfe ifkdnlkyid etnkknnsyw lglnvfadms ndefkekytg siagnyttte 121 lsyeevlndg dvnipeyvdw rqkgavtpvk nqgscgscwa fsavvtiegi ikirtgnlne 181 yseqelldcd rrsygcnggy pwsalqlvaq ygihyrntyp yegvqrycrs rekgpyaakt 241 dgvrqvqpyn egallysian qpvsvvleaa gkdfqlyrgg ifvgpcgnkv dhavaavgyg 301 pnyiliknsw gtgwgengyi rikrgtgnsy gvcglytssf ypvkn
Papaya papain FASTA
“MAMIPSISKLLFVAICLFVYMGLSFGDFSIVGYSQNDLTSTERLIQLFESWMLKHNKIYKNIDEKIYRFE IFKDNLKYIDETNKKNNSYWLGLNVFADMSNDEFKEKYTGSIAGNYTTTELSYEEVLNDGDVNIPEYVDW RQKGAVTPVKNQGSCGSCWAFSAVVTIEGIIKIRTGNLNEYSEQELLDCDRRSYG...
<중 략>
참고 자료
없음
