MOLECULAR DYNAMICS(MD) SIMULATIONS

목차

1. Abstract
2. Introcudtion
3. Experimental method
4. Result and Discussion
5. Conclusion
6. Reference

본문내용

1. Abstract
컴퓨터 화학은 화학 반응과 분자의 구조, 화학적 시스템의 분자들의 역학을 연구하는 것이다. 이번 실험에서는 10개의 alanine residue로 이루어진 polyalanine과 10개의 glycine residue로 이루어진 polyglycine이 수용액에서 가지는 구조적 변화에 대해 컴퓨터 시뮬레이션 실험을 각각 수행하는 것이다. 컴퓨터 프로그램을 이용하여 구조적인 안정성을 확인하고, radius of gyration, end-to-end distance, ramachandran plot, mean square displacement를 살펴봄에 의해 분자의 구조적 변화를 알아볼 것이다.

2. Introduction
컴퓨터 화학은 화학 반응 뿐 아니라 분자의 구조와 계수적으로 모델링 된 원자들과 화학적 시스템의 분자들의 역학을 연구하는 것이다. 컴퓨터 화학의 발전은 기계적 해상도나 일시적인 분자상태의 불안정성 의 한계 때문에 접근하지 못하는 근본적인 화학반응과 과정의 상세한 정보를 이해하게 해준다. 따라서 컴퓨터 화학은 화학연구에 보충적인 실험을 하게 하여 현대 화학에 필수적인 요소가 되었다.
컴퓨터 화학에서, 두 가지 접근이 가장 유명하다. 한 가지는 분자구조와 화학반응을 이해하는 전자구조 방법이다. 그리고 다른 하나는 구조의 이해를 도와주고 단백질이나 수용액 상태의 나노 입자를 포함하는 많은 분자들로 이루어진 액체와 고체의 역학을 알려주는 분자역학이다. 전자 구조방법은 화학반응의 양자화학 연구이며, 분자 구조와 화학결합 그리고 반응 메커니즘과 전이상태의 구조를 알아보는 방법이다.
이 실험에서는 분자역학 방법에 대하여 더 자세히 알아본다. 분자역학은 수천 개에서 백만 개의 원자인 큰 생물학적 시스템이나 material assembly뿐만이 아니라 작은 분자들도 연구한다. 분자역학은 분자의 시스템을 모델링 하기 위한 고전 역학에 사용되었다.

참고 자료

http://www.ch.embnet.org/MD_tutorial/pages/MD.Part1.html
https://en.wikipedia.org/wiki/Root-mean-square_deviation_of_atomic_positions
http://blog.naver.com/no1techkjs/220381366068
https://en.wikipedia.org/wiki/Force_field_(chemistry)
http://www.wesleyan.edu/molbiophys/graduatestudents/JAmChemSoc1136145TheoretEvidenforWaterInsertion.pdf
http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/jp984001d?journalCode=jpcbfk
https://ko.wikipedia.org/wiki/%EA%B8%80%EB%9D%BC%EC%9D%B4%EC%8B%A0
화학실험기법 manual, 강의자료