먼저 책의 줄거리를 요약해 보면 다윈은 종의 기원에 대해 총 15장에 걸쳐 결론을 내고 있다. 제 1장은 재배, 생육 하에서 생기는 변이에 대한 것으로 옛날부터 있었던 가축의 사육이나 식물의 재배에서 인간에 의해 우수한 종들만 분류되고 이들만을 키우면 그 우수한 종들이 가지고 있던 형질들을 물려받은 후손들이 생기는 변이 과정이 반복되어 결국 인간의 노력으로 인간에게 유익한 형질의 품종을 만들어 낼 수 있다는 것이다. 즉 더 좋은 털을 가진 양이나 더 좋고 많은 열매를 맺는 과수들의 재배에서 볼 수 있다. 또한 여기서 그는 집비둘기를 예로 들어 집비둘기의 생김새나 날아다니는 모습 등의 행동특성 등 오랜 관찰을 통해 집비둘기가 들비둘기와의 유사성을 들어 이들이 들비둘기 또는 그 변종에서 나왔다고 주장 하고 있다.
제 2장에선 자연 상태에서 생기는 변이에 대한 내용으로 1장 에서처럼 인간이 사육하는 종들만이 아닌 자연 상태의 종들도 나름대로 우수한 형질로의 변이를 거치고 있다는 주장이다. 또한 종이 고정불변이 아니라 계속해서 변이가 발생하고 그런 변이가 변종을 거쳐 새로운 종으로 이어진다는 것으로 자연 상태에서도 인간의 인위적인 노력 없이 이것이 진행된다는 내용이다.
3장은 생존경쟁에 대해 다루었는데 각 종들은 어떤 제약이 없다면 기하급수적으로 그 수가 증가한다. 하지만 실제로는 그렇게 많은 개체가 존재하는 경우는 없다. 이것은 종들이 제한된 환경조건에서 서로 간에 더 많이 살아남기 위해 불가피한 경쟁을 하게 되기 때문이라는 것이다. 이런 경쟁이 종들과 종들, 동물과 식물 간에도 나타나고 어떤 한 종들 사이에서 그 종의 변종들 간에도 경쟁이 나타나는데 이들의 경쟁이 가장 치열하다는 하였다.
4장은 자연선택 또는 최적자 생존에 관한 것으로 생존에 유리한 종이 살아남고 그렇지 못한 것은 도태된다는 것이다. 따라서 종들은 살아남기 위해 노력 아닌 노력을 하게 되고 생존한 종들에서 유리하게 작용한 신체일부의 발달이 새로운 종의 출현이로 이어진다는 주장이다.
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