전산화학 CHARMM 실험예비 및 결과 레포트

소개글

실험이론
Non-bonded Energy , Lennard-Jones Potential Energy , Electrostatic Potential Energy , Computer Simulation 등등 에 대해 굉장히 잘 정리되었고, 참고문헌까지 아주 정확하고 구체적으로 적혀있습니다.
CHARMM 프로그램을 이용한 실험결과가 포함되어 있습니다.
우수레포트로 선정되었고, A+ 받은 레포트 입니다

목차

1. CHARMM (Chemistry at HARvard Macromolecular Mechanics)을 이용하여 Na+와 Cl-사이 Non-bonded Energy 계산
2. Protein-Ligand Docking
3. 결과레포트

본문내용

실험 1. CHARMM (Chemistry at HARvard Macromolecular Mechanics)을
이용하여 Na+와 Cl-사이 Non-bonded Energy 계산

* 실험이론

- Non-bonded Energy
Non-bonded Energy 는 van der Waals 에너지와 electrostatic 에너지로 구성된다. Non-bonded Energy 는 결합되지 않은 원자 간의 상호작용을 말한다. CHARMM 이 사용하는 에너지 함수는 내부에너지 항과 외부에너지 항의 합으로 이루어져 있는데, 이 때 내부에너지 항은 bonded energy 이며, 외부에너지 항은 Non-bonded energy 이다. 위 식은 분자 , 에 대한 식 이므로 는 분자에서 분자까지의 거리를 말한다.

- Lennard-Jones Potential Energy
Lennard-Jones Potential Energy 는 John Lennard-Jones(1894~1954) 가 유체 아르곤에 대해 제안한 것으로 유명하다.
Lennard-Jones 모형은 두 분자가 서로 매우 가까이 있을 때 서로 밀어내는 힘(반발력)과, 두 분자가 어느 정도 떨어져 있을 때, 서로 끌어당기는 힘(인력)을 모두 고려한다. 밀어내는 힘(반발력)은 파울리의 배타 원리나 쿨롱의 법칙에 의해 생긴다. 두 분자가 가까워 질 때 강한 반발력이 생기는 이유는 파울리의 배타원리에 의해 원자를 둘러싸고 있는 전자 구름이 겹쳐질 때 에너지가 급격히 증가하기 때문이다. 서로 끌어당기는 힘(인력)은 반데르발스 힘, 분산력(dispersion force)에 의해 생긴다.
두 입자가 아주 먼 거리에 떨어져 있어서 입자간 상호작용이 없을 때의 퍼텐셜 에너지를 0이라고 가정한다. 그러면 분자들이 서로 가까워지면서 정전기적 인력이 반발력보다 커지므로, 분자들은 서로 끌어당기게 되고 퍼텐셜 에너지는 음의 값이 된다.

참고 자료

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https://www.slideshare.net/savitajayarao/molecular-mechanics
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- 김상락 「분자동역학」 아카넷 (2003)
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https://www.cheric.org/PDF/PIC/PC15/PC15-3-0001.pdf
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- https://www.intechopen.com/books/protein-engineering-technology-and-application/protein-protein-and-protein-ligand-docking