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둘째, 발생상의 증거. 여러 동물들의 발생 과정을 비교해 보면 대단히 비슷한 점이 많다. 척추동물의 경우 어류에서 양서류로, 양서류에서 파충류로 진화하고 파충류는 조류와 포유류로 나누어져 진화했다는 증거 가있다. 그런데 척추동물의 배의 초기 발생 과정을 보면 아주 유사하게 발생하는 것을 알 수 있다. 이것은 척추동물이 모두 같은 조상에서 출발하여 각각의 방향으로 진화되어 왔다는 사실로 해석된다.헤겔은 1866년에 이러한 사실들을 근거로 하여 "개체 발생은 계통 발생을 반복한다."는 진화 재연설(발생 반복설)을 재창하였다. 사람도 태아 때에는 어류의 아가미에 해당되는 아가미 구멍과 꼬리를 가지며 다른 동물과 거의 비슷한 모양을 지니는 시기가 있다. 이것은 사람도 발생 과정에서 보면 다른 척추 동물과 같은 진화의 경로를 거쳐 왔음을 의미한다.
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